Die Grünen sehen den Wechsel an der Parteispitze als Zeichen von Schwäche der CSU. Die Übernahme der Führung durch Horst Seehofer sei ein Zeichen der "Ratlosigkeit" bei den Christsozialen. "Bei den Bauern hat die CSU am stärksten von allen Gruppen verloren, als Konsequenz ernennt sie den Landwirtschaftsminister Seehofer zum Parteichef", sagte Fraktionsvize Jürgen Trittin. Dies sei "nur noch landsmannschaftlich zu erklären". Grünen-Chefin Claudia Roth warf Seehofer vor, als Minister gescheitert zu sein, unter anderem mit "seinem unglaubwürdigen Herumgeeiere bei der Gentechnik". Letzte Woche hatte sich die CSU dafür ausgesprochen, einen Grünen-Antrag für einen rechtlich verbindlichen Status gentechnikfreier Regionen an die Ausschüsse zu verweisen, obwohl sie sich vorher im Wahlkampf betont gentechnikkritisch darstellte.