Zum Zweiten Gesetz zur Neuordnung des Gentechnikrechts hat der Bundesrat den Vermittlungsausschuss aus mehreren Gründen angerufen. Änderungsbedarf bestehe insbesondere bei den Regelungen zum Standortregister, zur guten fachlichen Praxis beim Umgang mit bereits in Verkehr gebrachten Produkten und bei der Verpflichtung zur Unterrichtung der Öffentlichkeit. So sollen die allgemein zugänglichen Daten aus dem Standortregister soweit reduziert werden, dass nicht für jedermann ohne berechtigtes Interesse erkennbar ist, auf welchem Grundstück gentechnisch veränderte Pflanzen angebaut werden. Die Regelungen zur guten fachlichen Praxis sollen so ausgestaltet werden, dass der Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen nicht bereits aus Gründen der Vorsorge für die Koexistenz untersagt werden kann. Eine Einigung zwischen Bundesrat und Bundestag über die strittigen Punkte ist nicht zu erwarten.
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